A organização da Associação Nacional dos Municípios de Moçambique (ANAMM), é composta por 4 órgãos: Congresso, Conselho Nacional, Conselho Fiscal e o Conselho Directivo.

Do ponto de vista orgânico e funcional, o Congresso é o órgão máximo e representativo da ANAMM, dotado de poderes deliberativos. Este órgão é composto por três delegados por Município, nomeadamente: Presidente do Conselho Municipal, Presidente da Assembleia Municipal e um Vereador.

O Congresso tem as seguintes competências: (i) eleger a respectiva mesa; (ii) estabelecer as linhas gerais de actuação da ANAMM; (iii) eleger o Conselho Nacional, o Conselho Fiscal e o Conselho Directivo,; (iv) apreciar e aprovar o relatório geral de actividades apresentado pelo Conselho Directivo; (v) apreciar e aprovar o relatório geral de contas apresentado pelo Conselho Directivo; (vi) fixar os montantes da joia e quota, dentre outros, de interesse da ANAMM.